Pommeke schreef op 25 maart 2021 17:41:
:(
Het eerste geval van SARS-CoV-2 in Bazel, Zwitserland, werd gedetecteerd op 26 februari 2020. We presenteren een fylogenetische studie om de introductie en evolutie van virussen te onderzoeken tijdens de exponentiële vroege fase van de lokale COVID-19-uitbraak
van 26 februari tot 23 maart. We hebben de SARS-CoV-2 naso-orofaryngeale uitstrijkjes gesequenced van 746 positieve tests die tijdens de onderzoeksperiode in het Universitair Ziekenhuis Basel werden uitgevoerd. We hebben met succes 468 hoogwaardige genomen van unieke patiënten gegenereerd en varianten genoemd met onze COVID-19-pijplijn (COVGAP), en de virale genetische diversiteit geanalyseerd met behulp van PANGOLIN-taxonomische lijnen. Om introductie- en verspreidingsgebeurtenissen te identificeren, hebben we wereldwijde SARS-CoV-2-genomen opgenomen en een tijdgekalibreerde fylogenie afgeleid. Epidemiologische gegevens uit vragenlijsten van patiënten werden gebruikt om de interpretatie van fylogenetische waarnemingen te vergemakkelijken. De vroege uitbraak in Bazel werd gedomineerd door
lijn B.1 (83,6%), die voor het eerst werd ontdekt op 2 maart, hoewel het eerste geïdentificeerde monster tot B.1.1 behoorde. Binnen B.1 valt 68,2% van onze monsters binnen een clade gedefinieerd door de SNP C15324T ('Basel-cluster'), inclusief 157 identieke sequenties aan de basis van de
'Basel-cluster', waarvan we sommige specifiek kunnen herleiden tot regionale verspreidingsevenementen. We leiden de oorsprong van B.1-C15324T af tot half februari in onze tri-nationale regio. De andere genomen zijn in grote lijnen in kaart gebracht over de wereldwijde fylogenetische boom en
tonen verschillende introductiegebeurtenissen van en / of verspreiding naar andere delen van de wereld via reizigers. Familieoverdrachten kunnen ook worden getraceerd in onze gegevens. Een enkele afstammingsvariant domineerde de uitbraak in het gebied van Bazel, terwijl andere afstammingslijnen, zoals de
eerste (B.1.1), zich niet voortplantten.
Een massale bijeenkomst was de overheersende eerste bron van gevallen, met in mindere mate terugkerende reizigers en familie-uitzendingen. We benadrukken het belang van het toevoegen van specifieke vragen aan epidemiologische vragenlijsten, om gegevens te verkrijgen over het bijwonen van grote bijeenkomsten en hun locaties, evenals reisgeschiedenis, om effectief transmissieroutes bij opkomende uitbraken te identificeren. Deze fylogenetische analyse, in combinatie met epidemiologische gegevens en gegevens voor het traceren van contacten, maakt het mogelijk om gebeurtenissen met elkaar te verbinden en te interpreteren, en kan volksgezondheidsinterventies informeren.
Proefregistratie: ClinicalTrials.gov NCT04351503. heeft zich niet verspreid.
Een massale bijeenkomst was de overheersende eerste bron van gevallen, met in mindere mate terugkerende reizigers en familie-uitzendingen. We benadrukken het belang van het toevoegen van specifieke vragen aan epidemiologische vragenlijsten, om gegevens te verkrijgen over het bijwonen van grote bijeenkomsten en hun locaties, evenals reisgeschiedenis, om effectief transmissieroutes bij opkomende uitbraken te identificeren. Deze fylogenetische analyse in combinatie met epidemiologische en contactopsporingsgegevens, maakt het mogelijk om gebeurtenissen met elkaar te verbinden en te interpreteren, en kan volksgezondheidsinterventies informeren.